Dopo l'anno Mille la Chiesa attraversa una grave crisi morale a causa di uomini avidi che intraprendono la carriera  ecclesiastica  solo per ottenere ricchezza e potere. Tra i problemi più sentiti c'erano il nicolaismo, cioè l'abitudine di molti uomini di chiesa di tenere una compagna, e la simonia, ovvero la compravendita delle cariche eclesiastiche.

Non tutta la Chiesa però era corrotta e sempre più insistente si fece il desiderio di rinnovamento. Un ruolo guida fu assunto dal monastero di Cluny, che si prefiggeva di restaurare la regola di San Benedetto, e che divenne in breve un esempio per altri monasteri. Nacquero nuovi ordini monastici (cluniacensi, cistercensi, e certosini) che affiancavano ad una maggior corretteza dei costumi morali, una vita più sobria e la rivalutazione del lavoro manuale.

La Chiesa d'Oriente si separa da Roma

Nel frattempo, nel 1054 la Chiesa orientale, detta ortodossa, si separa da quella di Roma: è lo Scisma d'Oriente.

La lotta per le investiture

La corruzione della Chiesa dipendeva anche dal fatto che molti vescovi erano nominati direttamente dall'Imperatore ed erano destinati quindi a coprire incarichi di natura politica (i vescovi-conti).

Per far fronte a questa situazione papa Niccolò II, in un concilio indetto nel palazzo del Laterano nell'aprile 1059,  condannò l'investitura laica dei vescovi ed escluse l'imperatore dalla partecipazione all'elezione del pontefice. Ma lo scontro si fece particolarmente aspro con un altro papa: Gregorio VII. Eletto nel 1073, tentò di riformare la Chiesa e di affermarela divisione tra potere spirituale e potere temporale, dichiarando che solo il papa poteva assegnare cariche ecclesiastiche. Il papa emanò un importante documento, il Dictatus Papae (1075), in cui, non solo rivendicò l'autonomia della Chiesa, ma dichiarò la superiorità del potere papale su quello imperiale.

L'imperatore Enrico IV, però continuò a nominare vescovi e per questo venne scomunicato. Per evitare di perdere tutto il suo potere, l'imperatore scese in Italia e supplicò il perdono del papa, ma una volta ottenuta la cancellazione della scomunica, si riorganizzò e tornò alla carica.

Il conflitto però non terminò affatto e lo scontro tra Chiesa e Impero durò a lungo. Si conclude solo nel 1122 con il Concordato di Worms  che stabilì che nessun laico  avrebbe più avuto il potere di nominare i vescovi. Si trattava però di un compromesso: il papa avrebbe nominato i vescovi, ma l'imperatoreavrebbe potuto attribuire a questi l'incarico di conti.